Полный доступ к аппаратному и программному обеспечению
Владелец выделенного сервера волен менять конфигурацию компьютера, устанавливать любую операционную систему, проводить на сервере любые технические работы — это не помешает работе других служб и серверов.
В дополнение к выделенному серверу иногда идёт доступ по KVM/IP — это позволяет удалённо настраивать BIOS и ПО.
Сетевая безопасность
Сервер баз данных может находиться на отдельной машине для того, чтобы злоумышленник, получивший права суперпользователя на веб-сервере, не смог серьёзно испортить базу данных, так как ему будет разрешён не весь SQL, а лишь некоторый набор хранимых процедур, через который нанести большой вред просто невозможно.
Разгрузка компьютера
Предположим, что сервер баз данных потребляет столько вычислительных ресурсов, что ни веб-сервер, ни FTP-сервер на этой машине запустить уже нельзя. Тогда база данных располагается на выделенном сервере.
Обеспечение бесперебойного доступа
Если база данных и веб-сервер будут находиться на разных машинах, при выполнении технических работ на веб-сервере пользователи будут иметь доступ к базе данных.
Применение в компьютерных играх

Выделенным называется сервер многопользовательской игры, на котором запущена только серверная компонента игры (без находящегося на нём игрока). Если существует версия сервера для Unix-подобной операционной системы, обычно предпочитают именно её.
На отдельный компьютер серверная часть сетевой игры переносится с такими целями:
Разгрузка компьютера
Если участников много, а игра требовательная, приходится создавать выделенный сервер — иначе на сервере (а то и на всех компьютерах) будут ощущаться задержки.
Игровая площадка
Выделенный сервер применяется как постоянно работающая площадка для сетевой игры.