Сюжет LEGO Star Wars 3: The Clone Wars основан на мультсериале Clone Wars («Войны клонов»), в то время как предыдущие две игры охватывали шесть эпизодов классической киносаги Star Wars. В игре появятся все ключевые персонажи сериала, а некоторые герои перейдут из двух предыдущих частей.

Авторы обещают, что в LEGO Star Wars 3: The Clone Wars будут реализованы новые режимы игры, а также конструктор уровней, подобный тому, что был в Indiana Jones 2: The Kingdom of the Crystal Skull.