В 1993 году Хитмен бежит из лаборатории, убив двух санитаров. Этот побег не был форс-мажором, он входил в планы Орт-Майера, который следит за каждым шагом 47-го после побега. Вскоре Хитмен устраивается на работу в ICA где, ввиду своих уникальных навыков, становится самым лучшим и высокооплачиваемым киллером. Через некоторое время 47-му начинают поступать заказы на его генетических "отцов", о существовании которых он не подозревал, а заказчиком выступает Орт-Майер, не пожелавший делить клона с бывшими боевыми товарищами. Однако полностью проконтролировать ситуацию он не может, в финале гибнет от рук своего же творения, а Хитмен узнает ужасную правду о своем происхождении.